अमीनो एसिड अपचय द्वारा उत्पादित कीटो एसिड को चीनी या लिपिड मार्गों के साथ चयापचय किया जाता है, जो उनके गुणों पर निर्भर करता है। एंजाइम रासायनिक रूप से प्रोटीन (अमीनो एसिड अणुओं से बने) होते हैं, जैसे एमाइलेज़, पेप्सिन, कोलिनेस्टरेज़, कार्बोनिक एनहाइड्रेज़ और ट्रांसएमिनेस। नाइट्रोजन युक्त हार्मोन प्रोटीन या उनके डेरिवेटिव से बने होते हैं, जैसे ग्रोथ हार्मोन, थायरॉयड उत्तेजक हार्मोन, एपिनेफ्रिन, इंसुलिन और एंटरोट्रोपिक हार्मोन। कुछ विटामिन अमीनो एसिड से परिवर्तित हो जाते हैं या प्रोटीन से बंध जाते हैं। एंजाइम, हार्मोन और विटामिन शारीरिक कार्यों को विनियमित करने और चयापचय प्रक्रियाओं को उत्प्रेरित करने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं।
